ชุมชนสมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลาย
ในเขตจังหวัดปราจีนบุรีปรากฏการตั้งถิ่นฐานของชุมชนสมัยโบราณเมื่อประมาณ 2,000 – 2,500 ปี มาแล้ว ซึ่งตรงกับสมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลายถึงสมัยก่อนประวัติศาสตร์ (Proto-history) ที่แหล่งโบราณคดีบ้านกระทุ่มแพ้ว ตำบลกระทุ่มแพ้ว อำเภอบ้านสร้าง บ้านหนองอ้อ ตำบลดงพระราม อำเภอเมือง และบ้านดงชัยมัน ตำบลประจันตคาม อำเภอประจันตคาม

โบราณคดีที่พบ ได้แก่ ลูกปัดแก้วแบบอินโด – แปซิฟิก สีต่าง ๆ ลูกปัดหินคาร์เนเลียน หินอะเกตและหินควอตซ์ เครื่องมือเหล็ก ซึ่งแสดงให้เห็นถึงการติดต่อสัมพันธ์กับชุมชนโบราณใกล้เคียงและอินเดีย โดยเฉพาะที่บ้านดงชัยมันได้พบชิ้นส่วนกลองมโหระทึกซึ่งเป็นโบราณวัตถุในวัฒนธรรมดงซอน เกี่ยวข้องกับพิธีกรรมซึ่งพบทางตอนใต้ของจีน และในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้งประเทศไทย

บริเวณที่ตั้งเมืองโบราณศรีมโหสถ ตำบลโคกปีบ อำเภอศรีมโหสถ สันนิษฐานว่าน่าจะเป็นชุมชนมาก่อนพุทธศตวรรษที่ 11 ในชุมชนบริเวณดังกล่าวรวมตัวกันเป็นกลุ่มเกษตรกรเป็นกลุ่มหมู่บ้านเกษตรกรรม มีการติดต่อค้าขายแลกเปลี่ยนกับวัฒนธรรมภายนอกแต่ยังไม่มีการสร้างเมืองที่มีคันดิน คูน้ำล้อมรอบชุมชน ในระยะนี้อาจมีความสัมพันธ์กับอาณาจักรฟูนัน และมีการแลกเปลี่ยนค้าขายกับนักเดินเรือจากต่างประเทศ หลักฐานที่พบแสดงอิทธิพลวัฒนธรรมฟูมันและอิทธิพลวัฒนธรรมอินเดียแบบอมราวดี หลักฐานสำคัญที่พบ ได้แก่ ภาพสลักนูนต่ำและประติมากรรมบางชิ้นที่พบในบริเวณนี้คือภาพมกรหรือเหราบางตัวที่ขอบโบราณสถานสระแก้วมีลักษณะคล้ายมกรในศิลปะอินเดียแบบคุปตะ ส่วนประติมากรรมบางชิ้น ได้แก่ พระพุทธรูปที่พบในบ่อน้ำหน้าอาคารรอยพระบาทคู่ และจากการค้นพบเครื่องมือหินขัดทำให้พออนุมานได้ว่าชุมชนดังกล่าวน่าจะมีความสัมพันธ์กับชุมชนก่อนประวัติศาสตร์ที่พบตามแนวชายฝั่งทะเลเดิม บริเวณลุ่มน้ำบางปะกงแถบจังหวัดชลบุรี ซึ่งเริ่มมีถิ่นฐานเมื่อประมาณ 5,000 – 1,400 ปี มาแล้ว

สรุปได้ว่าการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์เริ่มแรกในเขตจังหวัดปราจีนบุรี เป็นสังคมสมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลาย ที่มีเทคโนโลยีค่อนข้างสูงในการดำรงชีวิตคือการรู้จักใช้เครื่องมือเหล็กและการรู้จักใช้วิธีกักเก็บน้ำ ต่อมาสภาพสังคมและเศรษฐกิจมีความสลับซับซ้อนมากขึ้นจนเข้าสู่พุทธศตวรรษที่ 6-10 ได้รับวัฒนธรรมภายนอกและเข้าสู่สมัยประวัติศาสตร์ พัฒนาเป็นชุมชนหรือเมืองที่รู้จักกันในชื่อว่า กลุ่มวัฒนธรรมทวารวดี มีอายุในช่วงพุทธศตวรรษที่ 12-19

การเกิดบ้านเมืองในสมัยประวัติศาสตร์ระหว่างพุทธศตวรรษที่ 12-19 แบ่งจังหวัดปราจีนบุรีออกเป็น 2 ช่วง คือ

ช่วงแรกมีความเจริญรุ่งเรืองและพัฒนาการเป็นบ้านเมืองร่วมสมัยกับกลุ่มบ้านเมืองทวารวดีในบริเวณภาคกลางของประเทศมีอายุระหว่างพุทธศตวรรษที่ 12-16 และช่วงที่ 2 เป็นการอยู่สืบเนื่องต่อจากช่วงแรกแต่สภาพสังคม การเมือง การปกครองได้เปลี่ยนแปลงไปจากเดิม เชื่อว่าช่วงเวลาดังกล่าวนี้ได้รับวัฒนธรรมเขมรโบราณเข้ามา มีการผสมผสานกับวัฒนธรรมทวารวดีที่เคยรุ่งเรืองมาก่อน

ปราจีนบุรีสมัยอยุธยา – ธนบุรี
สมัยอยุธยา
ในสมัยอยุธยาปรากฏชื่อเมืองปราจีนบุรีเป็นครั้งแรก ซึ่งคำว่า “ปราจีนบุรี” เป็นคำสมาสเกิดจากคำว่า “ปราจีน” กับคำว่า “บุรี” คำว่า “ปราจีน” หรือ “ปาจีน” หมายความว่าทิศตะวันออก ส่วนคำว่า “บุรี” หมายความว่า “เมือง” รวมแล้วคำว่า “ปราจีนบุรี” หมายถึงเมืองตะวันออก การเขียนชื่อเมืองปราจีนบุรีแตกต่างกันไป เช่น ปราจินบุรี ปราจิณบุรี และปาจีนบุรี แต่ความหมายน่าจะหมายถึงเมืองทางตะวันออกของราชอาณาจักรไทย

ปราจีนบุรีในฐานะหัวเมืองชั้นใน ต้นทิศตะวันออกสันนิษฐานพบว่าในสมัยอยุธยาตอนต้นก่อนการปฏิรูปการปกครองในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (พ.ศ. 1991-2031) เมืองปราจีนมีฐานะเป็นเมืองเล็ก ๆ ที่อยู่ใกล้ราชธานีคือกรุงศรีอยุธยา โดยทางกรุงศรีอยุธยาจะส่งขุนนางมาปกครองโดยให้ขึ้นตรงต่อเมืองหลวง และหลังจากการปฏิรูปการปกครองในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถแล้ว การปกครองหัวเมืองก็เปลี่ยนไปจากเดิมคือสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้แบ่งเป็นหัวเมืองชั้นใน หัวเมืองชั้นนอนก และหัวเมืองประเทศราชและแบ่งหัวเมืองออกเป็นชั้น เอก โท ตรี และจัตวา ทรงลดฐานะหัวเมืองชั้นในคือเมืองลูกหลวงและเมืองหลานหลวงลงมาเป็นเมืองจัตวาภายใต้การปกครองของราชธานี โดยทางราชธานีจะส่งขุนนางมาปกครองและขึ้นตรงต่อเมืองหลวง และขุนนางที่ปกครองหัวเมืองชั้นในเรียกว่า “ผู้รั้ง” เขตที่จัดเป็นหัวเมืองชั้นในมีอาณาบริเวณดังนี้ ทิศเหนือจดเมืองชัยนาท ทิศตะวันออกจดเมืองปราจีน ทิศตะวันตกจดสุพรรณบุรี ทิศใต้จดเมืองกุยบุรี
เมืองปราจีนบุรีหลังการปฏิรูปในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ จึงเป็นหัวเมืองจัตวาขึ้นกับราชธานี ตำแหน่งเจ้าเมืองหรือผู้รั้งมีบรรดาศักดิ์และราชทินนามที่ ออกพระอุไทยธานี

เมืองผ่านของเส้นทางเดินทัพไทย – กัมพูชา
จากลักษณะทำเลที่ตั้งของเมืองปราจีน เป็นเมืองที่ตั้งอยู่ใกล้กับประเทศกัมพูชา เรื่องราวที่เกี่ยวข้องกับจังหวัดปราจีนบุรีในสมัยอยุธยาจึงเป็นเหตุการณ์ที่เกี่ยวกับสงครามระหว่างสองราชอาณาจักร โดยฝ่ายกัมพูชามักจะเป็นต้นเหตุซึ่งอาจเนื่องมาจากกัมพูชาเห็นว่ากรุงศรีอยุธยาเป็นราชอาณาจักใหม่จึงไม่ยอมรับอำนาจมากนัก ต่อมาเมื่อกรุงศรีอยุธยามีความเป็นปึกแผ่นมั่นคงและขณะเดียวกันราชอาณาจักกัมพูชากลับเสื่อมโทรมภายในมากขึ้น กัมพูชาจึงยอมรับราชอาณาจักรอยุธยาในฐานเจ้าประเทศราช กษัตริย์ กัมพูชาต้องมาพึ่งพระบรมโพธิสมภารหลายครั้ง

แต่อย่างไรก็ดี เมื่อกรุงศรีอยุธยามีศึกติดพันกับพม่าหรือมีความอ่อนแอภายใน กัมพูชาก็ถือโอกาสมากวาดต้อนผู้คนตามแนวชายแดนของราชอาณาจักรอยุธยาอย่างเมืองปราจีน สมเด็จพระนเรศวรมหาราชจึงทรงยกทัพไปตีกัมพูชาโดยใช้เส้นทางบก โดยยกทัพหลวงออกจากกรุงศรีอยุธยามาทางตะวันออก ผ่านพิหานแดง (วิหารแดง) บ้านนา เมืองนครนายก ด่านกบแจะ (ประจันตคาม) ด่านหนุมาน (กบินทร์บุรี) ด่านพระปรง (อ.เมืองสระแก้ว) ช่องตะโก ด่านพระจารึกหรือพระจฤต (อรัญประเทศ – ตาพระยา) ตำบลทำนบ อยู่ระหว่างเมืองอรัญประเทศและเมืองพระตะบอง ตำบลเพนียด เมืองประตะบอง เมืองโพธิสัตว์และเมืองละแวก

สมัยธนบุรี
ในสมัยธนบุรีได้กล่าวถึงเมืองปราจีนเพียงว่าเป็นเมืองที่อยู่ในเส้นทางเดินทัพของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชที่ยกทัพจากกรุงศรีอยุธยาไปยังเมืองจันทบุรี กล่าวคือเมื่อ พ.ศ. 2309 ขณะที่กองทัพพม่าล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่นั้น สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชเมื่อครั้งเป็นพระยากำแพงเพชรทรงเล็งเห็นว่ากรุงศรีอยุธยาจะเป็นอันตราย จึงรวบรวมทหารไทย จีน ประมาณ 1,000 คนเศษ พร้อมด้วยอายุธออกไปตั้ง ณ วัดพิชัย พอฝนตกพระยากำแพงเพชรจึงนำกองทัพฝั่งกองทัพพม่าออกมาจากวัดพิชัยเดินทัพต่อไป โดยมีจุดหมายอยู่ที่เมืองจันทบุรี โดยเมืองปราจีนบุรีอยู่ในเส้นทางเดินทัพ ซึ่งตามพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี ฉบับจันทนุมาศ (เจิม) ได้กล่าวไว้ว่า…เมื่อวันพุธขึ้นแปดค่ำ เดือนยี่ ยกกองทัพมาประทับที่ตำบลหนองไม้ซุงตามทางหลวงนครนายก ประทับรอนแรม 2 วันถึงบ้านนาเริ่ง ออกจากบ้านนาเริ่งวันหนึ่งถึงเมืองปราจีน ข้ามด่านกบและหยุดพักพลหุงอาหาร ณ ฟากตะวันออกแล้วยกข้ามไปจนถึงบ่าย 5 โมง…

ปราจีนบุรีสมัยรัตนโกสินทร์
ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น เมืองปราจีนยังคงเป็นเมืองผ่านของเส้นทางเดินทัพระหว่างไทยกับกัมพูชา มีผู้คนอยู่อาศัยมากขึ้นในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 3) ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งเมืองขึ้นหลายเมือง เช่น เมืองกบินทร์บุรี เมืองอรัญประเทศ เมืองวัฒนานคร เป็นต้น ทั้งยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ขุดคลองบางขนากขึ้นส่งผลให้การติดต่อระหว่างเมืองปราจีนบุรีและเมืองพระนครสะดวกรวดเร็วขึ้น

ต่อมาในปลายรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 4) ได้มีพระราชดำริที่จะสร้างป้อมเมืองปราจีน แต่ได้ลงมือสร้างและแล้วเสร็จในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5)

ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ปราจีนเริ่มมีความสำคัญมากขึ้นตามลำดับ เพราะมีการค้นพบแหล่งทองคำที่เมืองกบินทร์บุรี มีการทำเหมืองทองคำ ต่อมาเมื่อปฏิรูปการปกครองจากระบบกินเมืองเป็นระบบเทศาภิบาล ได้ใช้เมืองปราจีนเป็นที่ว่าการมณฑลปราจีน ส่งผลให้เมืองปราจีนกลายเป็นศูนย์กลางความเจริญในภูมิภาคตะวันออก ครั้นเมื่อได้ย้ายที่ว่าการมณฑลปราจีนไปอยู่ที่เมืองฉะเชิงเทรา ทำให้เมืองปราจีนลดความสำคัญลง ประกอบกับเส้นทางคมนาคมเปลี่ยนไป คือมีการตัดเส้นทางรถไฟจากรุงเทพฯ ถึงเมืองฉะเชิงเทรามีคนจีนไปสร้างหลักแหล่งในฉะเชิงเทรามากขึ้น มีโรงงานน้ำตาล โรงสีข้าว อันส่งผลให้เมืองฉะเชิงเทรากลายเป็นศูนย์กลางความเจริญแทนเมืองปราจีนบุรี

หลังจากการเปลี่ยนแปลงการปกครองเมื่อ พ.ศ. 2475 ได้มีพระราชบัญญัติว่าด้วยการบริหารแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2476 ให้มีตำแหน่งข้าหลวงประจำจังหวัดแบบผู้ว่าราชการจังหวัด คณะกรมการจังหวัด และสภาจังหวัด ส่งผลให้มณฑลเทศาภิบาลปราจีนบุรีถูกยกเลิกไป เมืองปราจีนบุรีมีฐานะเป็นจังหวัดปราจีนบุรี

ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2485 รัฐบาลได้ออก “พระราชบัญญัติยุบและรวมการปกครอง บางจังหวัด พุทธศักราช 2485” ให้ยุบและรวมการปกครองจังหวัดสมุทรปราการ จังหวัดนครนายก จังหวัดสมุทรสาคร และจังหวัดนนทบุรี ในส่วนของจังหวัดนครนายกนั้นมีส่วนเกี่ยวข้องกับจังหวัดปราจีนบุรีโดยกำหนดไว้ดังนี้

…มาตรา 4 ให้ยุบจังหวัดนครนายกและให้รวมท้องที่ของจังหวัดที่ยุบเข้าไว้ในการปกครองของจังหวัดปราจีนบุรี เว้นแต่ท้องที่อำเภอบ้านนาให้รวมเข้าไว้ในการปกครองของจังหวัดสระบุรี…

การรวมท้องที่บางส่วนของจังหวัดนครนายกไว้ในเขตการปกครองของจังหวัดปราจีนบุรีส่งผลให้จังหวัดปราจีนบุรีที่เดิมมีท้องที่กว้างขวางอยู่แล้ว ให้มีท้องที่กว้างขวางเพิ่มมากขึ้นเกินกำลังจังหวัดจะรับผิดชอบ ทำให้การติดต่อดูแลทุกข์สุขของประชาชนและการปกครองของราษฎรไม่เป็นผลดีเหมือนเมื่อนครนายกเป็นจังหวัดอยู่ กระทรวงมหาดไทยจึงได้เสนอร่างหลักการ “พระราชบัญญัติสถาปนาจังหวัดนครนายก พ.ศ. 2489” โดยได้สอบถามจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดสระบุรี และในที่สุดรัฐบาลได้ออก “พระราชบัญญัติจัดตั้งจังหวัดสมุทรปราการ จังหวัดนนทบุรี จังหวัดสมุทรสาคร และจังหวัดนครนายก พ.ศ. 2489” โดยระบุในพระราชบัญญัติว่า

…มาตรา 6 ให้แยกอำเภอนครนายก อำเภอองครักษ์ และอำเภอปากพลีออกจากการปกครองของจังหวัดปราจีนบุรี กับให้แยกอำเภอบ้านนาออกจากการปกครองของจังหวัดสระบุรี จัดตั้งเป็นจังหวัดขึ้นเรียกว่าจังหวัดนครนายก…

ต่อมา พ.ศ. 2536 ได้มีการแบ่งเขตพื้นที่การปกครองจังหวัดปราจีนบุรี โดยแยกพื้นที่อำเภอบางอำเภอไปอยู่ในเขตการปกครองของจังหวัดสระแก้ว ซึ่งตั้งขึ้นใหม่ตามพระราชบัญญัติตั้งจังหวัดสระแก้ว พ.ศ. 2536